Заключение вспомогательных договоров осуществляется в следующем порядке:

1. Проект договора разрабатывается организацией железнодорожного транспорта на основании двустороннего акта обследования подъездного пути. Подписанный в двух экземплярах проект договора направляется владельцу подъездного пути на подпись. Полученный проект договора владелец железнодорожного подъездного пути обязан рассмотреть, подписать и возвратить его организации железнодорожного транспорта в 10-дневный срок. При несогласии с некоторыми положениями проекта владелец подъездного пути независимо от этого обязан подписать проект договора, составить в двух экземплярах протокол разногласий и направить его организации железнодорожного транспорта вместе с подписанным договором. В нем следует обязательно оговорить наличие протокола разногласий. Если подписанный проект договора не будет своевременно возвращен организации железнодорожного транспорта, то договор вступает в силу в редакции данной организации.

2. Получив протокол разногласий, организация железнодорожного транспорта не позднее чем в 25 дней обязана рассмотреть его совместно с владельцем железнодорожного подъездного пути, известить последнего о дате его рассмотрения в 10-дневный срок после получения протокола разногласий и не позднее чем за 10 дней до назначенной даты рассмотрения.

Если организация железнодорожного транспорта в 10-дневный срок не назначит дату рассмотрения разногласий, договор вступает в силу в редакции владельца железнодорожного подъездного пути, а если владелец подъездного пути, несмотря на извещение, не явится в назначенный срок для рассмотрения разногласий, то договор вступает в силу в редакции организации железнодорожного транспорта.

3. Оставшиеся неурегулированные разногласия оформляются сторонами протоколом и передаются организации железнодорожного транспорта в 10-дневный срок после цодписания протокола на разрешение соответствующего арбитражного суда. Если организация железнодорожного транспорта не передает в указанный срок разногласия на разрешение арбитражного суда, то договор вступает в силу в редакции владельца подъездного пути.

При заключении вспомогательных договоров в них должен предусматриваться порядок изменения условий таких договоров до истечения срока их действия. Это обусловлено прежде всего изменением технического оснащения либо технологией работы железнодорожной станции или подъездных путей. До разрешения спорных вопросов в суде действует условие прежнего вспомогательного договора.

Заключение вспомогательных договоров обязательно как для железной дороги, так и для владельца подъездного пути, грузоотправителя, грузополучателя. При этом при неосновательном уклонении одной из сторон от заключения данных договоров вторая сторона вправе обратиться в арбитражный суд с заявлением о принудительном заключении указанного договора.